SUN ry:n palsta SVKL julkaisussa 4/2017

 

YHTEENVETO GENEETTISEN MONIMUOTOISUUSKARTOITUKSEN TULOKSISTA

Suomen Unkarinvinttikoirat ry teetti UC Davisin yliopistolla Veterinary Genetics Laboratory:ssä (VGL) Kaliforniassa geneettisen monimuotoisuuskartoituksen keväällä 2017. Kartoitukseen saatiin näytteet 26 suomessa asuvasta unkarinvinttikoirayksilöstä, joista osa oli saman pentueen koiria ja joidenkin koirien molemmat vanhemmat olivat myös mukana testissä. Tästä syystä jotkut Suomessa edustetut linjat painottuvat tuloksissa enemmän kuin mitä Suomessa asuvien koirien määrä edellyttäisi.

Testattujen unkarinvinttikoirien määrä on vielä niin pieni, ettei tästä voi eikä pidä tehdä analyysiä koko rodun mittakaavassa. Painotamme, että tässä yhteenvedossa käsitellään nyt Suomessa asuvaa populaatiota siltä osin kuin näytteitä antaneet koirat sitä edustavat. Saimme VGL-testilaboratoriosta tästä otannasta lyhyen yhteenvedon, jota tässä referoidaan. Testattujen koirien määrän kasvaessa tulee testitulos todennäköisesti vielä muuttumaan.

DLA-monimuotoisuus

MHC-geenialueen monimuotoisuutta tutkittiin DLA I - ja DLA II -haplotyyppien avulla. Tämä alue sisältää lukuisia eri immuunipuolustukseen liittyviä geenejä, jotka ovat myös usein immunologisten häiriöiden ja autoimmuunisairauksien taustalla.

Testatuista 26 koirasta löytyi 11 erilaista DLA-haplotyyppiä, jotka muodostuivat 11 DLA I – alueen ja 6 DLA II – alueen haplotyypistä. Vain kaksi testattua unkarilaista oli homotsygoottia eli niillä oli kaksi samaa haplotyyppiä. Koirat olivat kuitenkin homotsygootteja eri haplotyypeille (Avenina's Elszánt Erzsebet ja Puszták Vadásza Kele).

SUN ry:n DLA-yhdistelmähaplotyyppien jakauma

Haplotyyppi                              Lukumäärä                              Frekvenssi

1 1033 (DLA I)                          2006 (DLA II)                             8 0,15

2 1003 (DLA I)                          2001 (DLA II)                             8 0,15

3 1066 (DLA I)                          2047 (DLA II)                             6 0,12

4 1054 (DLA I)                          2017 (DLA II)                             6 0,12

5 1104 (DLA I)                          2017 (DLA II)                             6 0,12

6 1163 (DLA I)                          2016 (DLA II)                             4 0,08

7 1015 (DLA I)                          2012 (DLA II)                             4 0,08

8 1052 (DLA I)                          2017 (DLA II)                             3 0,06

9 1164 (DLA I)                          2012 (DLA II)                             3 0,06

10 1162 (DLA I)                        2006 (DLA II)                             3 0,06

11 1161 (DLA I)                        2001 (DLA II)                             1 0,02

VGL-testilaboratorion jatkuvasti lisätestausten mukaan päivittyvä haplotyyppitilastointi löytyy täältä: https://www.vgl.ucdavis.edu/services/dog/GeneticDiversityInMagyarAgarSTRInfo.php

Yhdestätoista löytyneestä DLA I -haplotyypistä viisi yleisintä edustaa 66 %:a kaikista tutkimukseen osallistuneiden koirien DLA I -haplotyypeistä. Toisaalta vain kolmella koiralla 26:sta ei ole yhtään

viidestä yleisimmästä DLA I -haplotyypistä (Avenina's Amans Aenea, Hajnali Tejeskave ja Pusztak Vadasza Kele). Kuudesta löytyneestä DLA II-haplotyypistä kolme yleisintä edustaa 67 % kaikista DLA II -haplotyypeistä. DLA II -alueen erilaisia haplotyyppejä esiintyy melko vähän verrattuna muihin rotuihin, mutta haplotyyppien esiintyvyys on kuitenkin melko tasainen testattujen koirien kesken. Harvinaisten DLA -haplotyyppien määrä voi lisääntyä, kun koiria testataan lisää.

VGL-testilaboratorio on kartoittanut samoilla menetelmillä DLA-monimuotoisuutta 329 italianvinttikoiralla Pohjois-Amerikasta, Euroopasta ja Venäjältä. Tutkimuksessa löydettiin 18 DLA I ja 17 DLA II -haplotyyppiä, jotka muodostavat yhteensä 28 erilaista DLAyhdistelmähaplotyyppiä. Suuresta haplotyyppien lukumäärästä huolimatta sekä DLA I että DLA II -haplotyypeistä neljä yleisintä edustaa 66 %:a kaikista haplotyypeistä.

Geneettinen monimuotoisuus toistojaksomarkkereilla tutkittuna

Geneettistä monimuotoisuutta yksilöiden välillä ja testatussa populaatiossa kartoitettiin käyttäen 33 genomissa sijaitsevaa lyhyttä toistojaksomarkkeria (Short Tandem Repeat, STR). Näiden markkereiden avulla pyritään siis kuvaamaan koko genomin monimuotoisuutta ja heterotsygotian määrää yksilöillä. Tällä monimuotoisuuspaneelilla ei löydy VGL-laboratorion mukaan hälyttävän suuria yksittäisten alleelien esiintyvyyksiä. Jokaisessa markkerissa on kuitenkin yksi tai useampi yleisesti esiintyvä alleeli, joiden homotsygotian välttäminen jalostusvalinnoissa tulee olemaan hankalaa.

VGL-testilaboratorion STR-markkereiden alleelifrekvenssien päivittyvä tilastointi löytyy myös 

www.vgl.ucdavis.edu/services/dog/GeneticDiversityInMagyarAgarSTRInfo.php

Koiran genomin toistojaksomarkkereista laskettava Internal Relatedness value eli IR-arvo mittaa perimän monimuotoisuutta ja sitä laskettaessa huomioidaan sekä toistojaksomarkkereiden alleelien heterotstygotia että alleelien suhteellinen osuus populaatiossa. Arvo on siis sitä pienempi mitä enemmän markkereissa todetaan kahta eri alleelia ja mitä harvinaisempia alleeleja koiralla kussakin markkerissa on. Sisäsiittoisille koirille muodostuu vastaavasti korkea IR-arvo. IR-arvo on kullekin koiralle ainutkertainen, mutta toisaalta kahden koiran sama IR-arvo voi muodostua hyvin eri tavoin.

IR-arvo eli perimän monimuotoisuusarvo muuttuu jokaisella koiralla sitä mukaa, kun uusia rodun edustajia testataan. Tuloksissa laskettu IR-arvo on vain 15.6.2017 mennessä testattuihin verrattavissa oleva arvo. Monimuotoisin unkarilainen oli Balaton Nyitnikék Barsonyos, jonka arvo oli -0,23. Suurin arvo 0,13 oli koiralla Csaba Öhungarikum. Tämän otannan keskimääräinen monimuotoisuusarvo oli -0,03.

Suuressa italianvinttikoira-aineistossa voitiin toistojaksomarkkereilla todeta eurooppalaisten ja pohjois-amerikkalaisten koirien poikkeavan melko paljon toisistaan. Vaikka pohjoisamerikkalaisilla koirilla voitiin osoittaa markkereissa enemmän alleeleja, oli niiden heterotsygotian aste alhaisempi kuin eurooppalaisten koirien.

Miten tästä eteenpäin?

Jalostusvalintoihin vaikuttavat monet eri tekijät, mutta myös geneettisen monimuotoisuuden säilyttämisellä tulisi olla niissä oma sijansa. Ensisijaisesti tulisi vertailla DLA-alueen haplotyypit ja sen jälkeen perimän toistojaksomarkkerit. Mitä enemmän yhdistelmän vanhemmilla on eroavaisuuksia näillä alueilla, sen paremmin geneettinen monimuotoisuus säilyy seuraavassa sukupolvessa. Koiria, joilla on harvinainen/harvinaisia haplotyyppejä tai alleeleja tulisi suosia, jotta näiden muotojen frekvenssi populaatiossa kasvaisi ja häviämisen riski vähenisi, ottaen kuitenkin huomioon mahdolliset sukurasitteet sairauksien osalta.

Yksittäinen/yksittäiset DLA-haplotyypit voivat olla assosioituneet immunologisiin häiriöihin ja autoimmuunisairauksiin. Toisaalta, nyt tehty kartoitus ei kuvaa mitenkään muiden kuin MHCgeenialueen

periytyvien sairauksien tai sairausalttiuksien periytymistä. IR-arvo kuvaa aina vain yhden yksilön tilaa. Jos yhdistää kaksi koiraa, joilla on erinomainen monimuotoisuusarvo, mutta jotka edustavat genotyypiltään samanlaista monimuotoisuutta, pentujen geneettinen monimuotoisuus vähenee huomattavasti.

Korkeankaan monimuotoisuusarvon yksilö ei välttämättä ole huono vaihtoehto, mikäli sen pariksi valitaan genotyypiltään eriperintäinen yksilö. Suosimalla yhdistelmiä, joissa pentujen monimuotoisuus on suurta eli IR-arvo matala, pyritään välttämään geenialueiden homotsygotiaa, jonka seurauksena peittyvästi periytyvät sairaudet voivat helpommin päästä ilmenemään

SUN Ry:n kotisivuilta löytyy tiedosto, jossa on taulukoitu jokaisen testatun koiran tulokset sekä DLA-haplotyyppien että 33 toistojaksomarkkerin osalta, jotta jokainen pääsee vertailemaan tämän kartoituksen tuloksia koira koiralta. Kun vertailette tuloksia, on hyvä muistaa, että jokainen koira periyttää aina vain toisen DLA-haplotyypin tai toistojaksomarkkerin alleelin jälkeläiselleen – arpapeliä on se kumman millekin jälkeläiselleen. Tämän pystyy hyvin toteamaan vertailemalla tässäkin otannassa mukana olleita koiria, jotka ovat jonkun testatun jälkeläisiä.

Linkki SUN ry:n toimesta testattujen koirien tarkempiin tietoihin:
https://www.unkarinvinttikoirat.com/dla-hanke/dla-tulokset/

VGL-testilaboratorion sivuilla https://www.vgl.ucdavis.edu/index.php on myös mahdollista käyttää laskuria koirien vertailuun/testiparitukseen. Luo itsellesi maksuton tunnus sivun vasemmasta reunasta ”Login” ja tämän jälkeen ”Create account”. Kirjauduttuasi sisään valitse ”Order tests” ja ”Dog tests”. Vasemmalta löydät linkin laskuriin ”Mating evaluation”. Löydät liitteenä olevasta tiedostosta jokaisen koiran nimen edestä ”Case number”-kohdan jonka voit syöttää laskuriin.

Toivomme, että koiria testattaisiin jatkossa runsaasti lisää Suomen ulkopuoleltakin. Tämä lisäisi myös jo nyt saatujen testitulosten arvoa ja käytettävyyttä.

Haluamme lämpimästi kiittää kaikkia kartoitukseen osallistuneita omistajia ja kasvattajia koirineen!
Ja iso kiitos myös SUN ry:n tulosten yhteenvedossa avustaneelle Maaret Ridanpäälle!

Suuret kiitokset kuuluvat myös eläinlääkäreille, jotka lähtivät mukaan yhteistyöhön tämän projektin läpiviemiseksi:

Eläinlääkäriasema Reviiri, Tampere
Hyvinkään Eläinlääkäriasema Sanum, Hyvinkää
ITAvet, Riihimäki
Eläinklinikka Saari, Vaasa
Eläintohtori Kivuton, Joensuu
Eläinklinikka Tähti, Jyväskylä
EuroMediVet, Tornio
Eläinklinikka Peninkulma, Vantaa
VihtiVet, Vihti
Amyvet, Kajaani

 

Mikäli sinulle heräsi yhteenvedosta jotain kysyttävää, otathan yhteyttä osoitteeseen sun.sihteeri@gmail.com

Toivotamme mukavaa ja rauhallista talvikautta, sekä kirsullisille että nenällisille kanssa-harrastajille.
Suomen Unkarinvinttikoirat Ry:n puolesta,

Catarina Wikström
Puheenjohtaja